“東京決戰”一年後，失去記憶的魯路修在11區（原日本國）過著平凡的學生生活。在魯路修與弟弟羅洛的一次出行時，遇到了黑色騎士團的餘黨。在與少女C.C再次結成契約之後，塵封的記憶擺在了魯路修的面前。 恢復記憶的魯路修，為了建立人人平等的世界、讓妹妹娜娜莉幸福的世界，而使用GEASS，令人絕對服從的力量，化名ZERO帶領黑色騎士團向帝國宣戰。 現在的魯路修不僅要面對帝國的強大軍事力量，更要面對虛假的弟弟羅洛、失蹤的妹妹娜娜莉、不知敵友的中華聯盟、內部出現分歧的黑色騎士團。面對內憂外患，魯路修走上了GEASS之力的詛咒——孤獨的王之路。