電視動畫《魔法禁書目錄Ⅱ》改編自日本輕小說家鐮池和馬原作的輕小說《魔法禁書目錄》，亦是電視動畫《魔法禁書目錄》的第2期故事內容主要對應原著小說的第7捲~第13捲及番外篇SS捲的內容。 故事舞台是從東京都西部被分割出來、擁有230萬人口的巨大都市。由於其中約有八成都是學生，所以被稱為“學園都市”。“超能力開發”被列為學校課程的一部分。學生們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為6級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）。 故事的主人公上條當麻是名平凡的高中生，作為無能力者的他並非完全沒有能力，而是他名為“幻想殺手”的特殊能力能夠將一切異能（包括超能力和魔法）無效化。在宿舍陽台上他遇見了一位純白修女。這位少女自稱“茵蒂克絲（Index）”，是從魔法世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，掌握了十萬三千本魔道書的少女與擁有抹殺一切幻想的“幻想殺手”右手的少年一起，經歷了一系列驚險故事。 轉眼，暑假臨近結束，新的故事也由此開始。在第2期的故事中，羅馬正教的登場將魔法側的故事拓展到了學園都市，而上條他們的戰鬥舞台也將走向世界。另一方面，通過描述學園都市的學生生活和潛伏在其背後的黑暗，科學側的故事也將會逐步展開。