劇場版動畫《涼宮春日的消失》改編自日本輕小說家谷川流原作的《涼宮春日系列》輕小說的第4捲《涼宮春日的消失》，也是《涼宮春日系列》被改編的第一部劇場版動畫。在2009年10月9日凌晨（日本習慣稱為8日深夜）播放完畢的電視動畫《涼宮春日的憂鬱（2009年版）》最終話結尾，動畫制作方京都動畫公司發布了《涼宮春日的消失》劇場版動畫化的消息。劇場版與此前的電視動畫系列同為京都動畫制作，於2010年2月6日在日本正式上映。 聖誕節即將來臨，SOS團火鍋派對的活動拍板以後，阿虛就帶著煩惱回家。第二天，阿虛如常上學，但他很快註意到，學校發生了與平日完全不同的事。應該在後面的座位的涼宮春日不在，卻換上了理應讓長門有希消滅了的朝倉涼子；不僅是這樣，全世界也都變了……。