電視動畫《閃亂神樂》改編自任天堂3DS游戲《閃亂神樂 -少女們的真影-》，故事的舞台設立在一個現今還有忍者存在的世界，主要講述了在忍者養成機關“國立半藏學院”就讀的5名少女對抗惡勢力的故事。 一個現在還存在著忍者的世界中，現代忍者的雇主，是政治家、大企業的乾部們。持有強大權力的人當中，有著一些將忍者當作滿足自己欲望的道具的人存在。為了對抗這些在黑暗中的“惡忍”，政府開始執行了某個計劃―“善忍”―也就是養成屬於國家的忍者的秘密計劃。為了養成“善忍”而成立的機構，“內閣特務諜報部一課付特殊機密諜報員養成所”，通稱、忍學科。在擁有一千名學生的名門升學學校“國立半藏學院”中，不為人知的內面。為了與邪惡戰鬥，“善忍”們奉獻自己的青春，正在“國立半藏學院”忍學科中就讀的五名少女，鼓起勇氣與惡忍戰鬥。五位女忍者性格各異，她們分別是飛鳥、斑鳩、葛城、柳生、雲雀。