《零度戰姬》第二季(又名:零度戰姬振動)故事圍繞在和襲擊人類的異次元體NOVA的戰鬥中失去了姐姐青井和葉的少年和哉。青井和葉是傳奇中的潘多拉(能與NOVA作戰的少女),和哉為了繼承姐姐的遺志,進入了潘多拉的專門學校「傑尼提克斯」,並成為了「禁止接觸女王」莎堤萊薩·艾爾·布麗姬的制御者,從此他的生活便大大改變了。 在因襲擊人類的異次元體NOVA的戰鬥中失去了姐姐青井和葉的少年和哉,編入了能夠與NOVA對剛的戰士以及其制御者的育成機關《傑尼提克斯》。 在那里,和哉與被人稱作《禁止接觸女王》所畏懼著的少女,莎緹萊薩·艾爾·布麗姬相遇了。 喜歡上了擁有姐姐背影的莎緹萊薩的和哉,在不停被拒絕的情況下仍舊與她共赴戰場,慢慢的縮短了距離。 在這時,由於《傑尼提克斯》的上層機關《修吧里誒》的命令,和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里,正進行著對抗NOVA的新對策,人工創造出潘多拉的《E潘多拉計劃》。