故事發生在20世紀產業革命的大躍進之後，受到地球資源日益枯竭影響的人類，開始向宇宙尋求新的生存空間。 為了適應宇宙環境，人類開始了對人體的改造。 結果誕生出來的，便是主人公伊茲魯等擁有“S級遺傳基因”的人。 脫離培養液後，伊茲魯一行人被安放在選定的養父母身邊，在經過一定時間的撫養之後，通過選拔考試進行篩選，建成了S級遺傳基因兒童培養機關——學園都市格蘭茲艾雷（『グランツェーレ都市學院）。 為了讓“S級遺傳基因兒”成為真正的“S（ACE）” …… 伊茲魯和同伴們的校園生活 現在，就要開始！！