獻給全部的寶可夢迷——。 這是兩個人的「相遇」和「約定」的故事。 20周年紀念作品，就此誕生！ 精靈寶可夢，簡稱「寶可夢」。 是充滿各種各樣的謎團和秘密的不可思議的生物。 有關它們的生態， 還有很多我們不知道的事情。 今天，寶可夢訓練家們也一如既往地， 為了和未曾相見的寶可夢相遇， 繼續著他們的冒險…。 住在真新鎮的少年小智，迎來了獲得成為寶可夢訓練家資格的日子，10歲的生日。心中憧憬著未曾見過的寶可夢，未曾見過的世界，小智前往了可以獲得夥伴寶可夢的大木研究所，然而由於睡過頭的原因，留給小智的只有一只不喜歡人類的皮卡丘。 「你討厭我嗎？但我喜歡你哦！」一開始不相合的兩人，漸漸培養了友情。在旅程開始的日子，望著天空中飛過的傳說中的寶可夢·鳳王的身影，小智與皮卡丘拿著虹色之羽立下誓言。 「總有一天，會一起和它再見面！」 就這樣，為了成為世界第一的寶可夢大師，開始旅行的小智與皮卡丘，在途中遇到了訓練家麻琴（マコト）與爽志（ソウジ），並聽到了有關鳳王的傳說。 「被虹色之羽引導，見到鳳王的人，會成為虹之勇者。」不知何時藏在小智的影子中的，迷之寶可夢·瑪夏多（マーシャドー）出現，並帶領著小智一行人前往鳳王居住的テンセイ山，不過此時強敵現身了。 兩人最終能夠見到鳳王嗎!?為了實現旅行開始那一天立下的誓言，現在，兩個人最終成為「真正的夥伴」的冒險開始了！