かつて、妖怪を操る不思議な“腕輪(ウォッチ)”を持った少年がいた。ところが、少年が大人になったとき、彼には妖怪の姿が見えなくなってしまった。 役目を終えた、その“腕輪(ウォッチ)”は時空の彼方に葬り去られた。 30年後……穏やかな日常は終わりを告げ、迫りくる彗星とともに運命の日が始まる。 恐るべき妖怪ウイルス『鬼まろ』が、人の悪意に感染して無限に増殖していく…… 人類滅亡の危機を救えるのは、妖怪ウォッチに選ばれし者。 新たな妖怪ウォッチを手にし、人間と妖怪の絆を取り戻せるのか!?