対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、ある情報を基に、武器密売組織の拠點である謎の洋館へ突入する。探索の最中、クリスは國際指名手配犯であるグレン・アリアスと対峙するも、信じがたい光景を目の當たりにし、結果アリアスを逃してしまう。 　一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員だったレベッカ・チェンバースは、現在は大學教授として、「死者が甦り、凶暴化する」という不可解な事件の調査、研究に攜わっていた。 　事件の調査により、「新型ウィルス」が関係していることを、 突き止めた彼女は、治療薬の開発に成功。その直後、研究所が何者かに襲撃され、レベッカは死の危険にさらされてしまう。幸いにも駆けつけたクリス達によって、九死に一生を得るのであった。 　この襲撃後、クリスとレベッカは、アメリカ大統領直轄のエージェント組織「DSO」に所屬しているレオン・Ｓ・ケネディのもとへ…彼は、この新型ウィルスが関わる事件を最もよく知る人物だった。 　再會を果たす、クリスとレオン。 　アリアスの真の目的が〝バイオテロ〟だと摑んだ二人は、レベッカと共に、その策略を阻止し人々を救う為、彼を追いニューヨークへと向かうのであった。