皇帝巡海之際，太子建文親眼目睹了自己亦師亦友的鄭提督突然弒君，反被朝廷誣陷為弒父奪位，慌亂中駕駛了青龍靈船逃回泉州欲返回金陵向燕王叔叔，鄭提督接受監國燕王的命令回到泉州對建文進行緝拿，建文太子識破之後從泉州開啟了往南的逃亡之旅，建文逃亡途中結交了東瀛忍者七里、蒙古水師統領騰格斯，博物學家佛郎機人哈羅德，四人在冒險途中結下了真摯的友情，準備展以南海蓬萊島最大海盜破軍基地為目標的逃亡查明鄭提督弒君的真相之旅；此時朝堂內外各方勢力蠢蠢欲動，鄭提督又該如何在這樣的條件下繼續保護對自己誤解愈深的建文和查探皇帝魔化事件的真相呢？