在近未來世界地球資源面臨枯竭，遼闊海洋成為開發新目標。某日，一位正義感十足的少年雷鳴海正駕駛著「重甲機兵」機器人在海底採集礦物樣本，突然無數外星雷射光束從天而降，讓正在舉行巡迴演唱會的偶像歌手天音也意外遭受攻擊墜入海中，幸好被路過的雷鳴海所救。突如其來的攻擊，將所有先進國家摧毀殆盡，世界陷入毀滅危機，身處於台灣東北海深處的海底都市「鸚鵡螺市」，雖然躲過了雷射光束的攻擊，卻發現深海中還有更危險的「海底魔獸」，雷鳴海率領著重甲機兵隊是否能成功拯救世界……