西暦２６６１年、地球。 人類と魔族の統一政府による統治が続く中、 新たな組織が不穏な胎動を始めていた。 そのひずみは各地に広がり、 かつて馬神弾と共に世界を救うために戦った 仲間たちにも屆きだしていた…。 馬神弾が地球を救い、光となってから１０年。 果たして〝平和〟はもたらされたのか、それとも。 バトルスピリッツは新たな歴史を刻み始める。