自第二次新吉翁戰爭結束了12年後的U.C.105年，因地球聯邦政府的腐敗和地球環境污染的加速，在強制平民前往宇宙的同時，也開始實施非人道的政策“人類狩獵”。 在這種局面下，反地球聯邦政府運動組織“馬夫蒂”，在組織首領：“馬夫蒂·納比尤·艾林”（其真實身份是聯邦軍內素有聲望的一年戰爭的功臣聯邦軍上校布萊德·諾亞之子哈薩維·諾亞）的帶領下，針對地球聯邦高官展開了暗殺等一系列恐怖活動。 繼承了阿姆羅·雷和夏亞·阿茲納布爾兩人的思想，成為了為了內心的意志和道路而不斷奮鬥前行的戰士哈薩維，卻與聯邦軍上校凱奈斯·斯雷克和謎之少女琪琪·安達露西亞相遇了，而這也是改變他們命運的相遇。