東京都高度育成高等學校。 進學率、就職率100%を誇り、毎月10萬円の金銭に相當するポイントが支給される楽園のような學校だが、その內実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の學校だった。 問題児の集まるDクラスに配屬された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。 そこでは各クラスが入り亂れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。 他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狹間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな學園黙示録が今、再び幕を開ける。