在不遠的未來,海平面原因不明地急速上升,導致了地表多數都沉入海中。 小時候因為事故而失去一條腿的少年・斑鳩夏生,厭倦了都市的生活,移居到了海邊的鄉村小鎮。曾經身為海洋地質學家的祖母留給他的、就只有船、潛水艇還有債務。 夏生為了取回“失去的未來”,與迷之討債人凱瑟琳一起,潛海前往據說保存著祖母遺產的海底倉庫。 在那里,他遇到了一位沉睡在如同棺材一般裝置中不可思議的少女“亞托莉”。她是一位構造精密到與人類別無二致,而又豐富感情的機器人。 從海底被打撈起來的亞托莉如是說到: “我想完成主人留給我的最後的命令。在此之前,我會成為夏生先生的腿!” 在一個逐漸沉入海中的平和小鎮,少年和機器人少女的難忘夏日就這麽開始了。