電視動畫《某科學的超電磁炮 第三季》制作決定! 被稱作“學園都市”的東京西部的巨大都市中,進行著超能力的開發。 在此接受特殊課程而或的能力的學生被分為“無能力(Level 0)”到“超能力(Level 5)”等六個階段,位於頂點的就是七名的“超能力(Level 5)”。 其中御阪美琴是能夠自由操縱電力的“電擊使”中最上位的能力者,擁有“超電磁炮”異名的她是在常盤台中學就讀的14歲女子中學生。 作為後輩,同時是“風紀委員”的白井黑子,景仰大小姐的初春飾利,和她那喜歡都市傳說的朋友佐天淚子。這樣的同伴們一起過著和平但又有點奇妙的日常生活,但突然之間學園都市的“黑暗”逼近了……