故事的舞台是在戰爭中被破壞的基地殖民地、飄盪著大量戰艦的殘骸的“Thunderbolt宙域”,宙域是對ZEON公國要塞“A Bao A Qu”的補給道路,為了奪回宙域,地球連邦軍和ZEON公國展開了激烈的戰鬥。地球連邦軍的伊奧·弗萊明少尉等人乘坐GM204F,潛入Thunderbolt宙域,向狙擊手發起了挑戰。