宇宙暦797年（帝國暦488年）。銀河帝國、自由惑星同盟の両國で國を揺るがす內戦が勃発。 ラインハルトは、この戦いで敵対する門閥貴族を一掃し、帝國內での覇権を確立するが、同時にかけがえのない友を失う。 一方のヤンは、國內で起きたクーデターの鎮圧に成功するも、背後に危険を増やす結果となった。 そして、翌年帝國と同盟はふたたび戦火を交え、二人の天才は戦場で火花を散らすことに…