在《Fate/Zero》中,與徵服王伊斯坎達爾一同跨越了第四次聖杯戰爭的少年,韋伯·維爾維特。時光流轉,少年繼承了君主·埃爾梅羅的稱號,以君主·埃爾梅羅Ⅱ世的身份,在魔術師們的總部·時鐘塔面臨了各種充滿神秘的事件——