電視動畫《魔法禁書目錄》改編自日本輕小說家鐮池和馬原作的同名輕小說。 故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中,“超能力開發”被列為學校課程的一部分(學生作為人體科學實驗對象)。在二百三十萬人口中,有八成都是學生,所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同,可以分為7級,從無能力(level 0)到超能力(level 5)(level 6為絕對能力者)。故事的主角上條當麻是學園里的一個無能力者,但並非完全沒有能力,他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他只有右手能夠使用這種能力,還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為幻想殺手(Imagine-breaker)。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故,導致自己一直過著不幸的生活。某一個暑假的日子,在家里的陽台上,他遇見了一位修女;這位少女自稱自己的名字叫“茵蒂克絲”(Index),並是從魔法的世界逃了出來,現在正在被魔法師追趕中。就這樣,上條當麻一腳踏進了奇妙而美麗又黑暗的世界,開始了上條當麻與御阪美琴的戰鬥……掌握了十萬三千本究極魔法書(魔導書)的少女與擁有抹殺一切奇跡的神上之手的少年,將面臨一系列故事……